Δημήτρη, το σύστημα ταξινόμησης έχει αλλάξει πολλές φορές μέσα στα χρόνια και συνεχίζει να αλλάζει ακόμα και σήμερα. Αυτό είναι φυσικό καθώς νέα στοιχεία επιτρέπουν τον επαναπροσδιορισμό των φυλογενέσεων και των εξελικτικών σχέσεων κυρίως μέσω των γενετικών αναλύσεων.... αλλά σίγουρα έχει δημιουργήσει ένα στοιχειώδες χάος σε εκείνους που προσπαθούν απλά να καταλήξουν. Σε κάποια θέματα οι ταξινομικοί διαφωνούν ακόμα μεταξύ τους (ακόμα και ως προς τα βασίλεια υπάρχουν διαφωνίες....)
Όσο είμαι σε θέση να βοηθήσω/διορθώσω σε κάτι από αυτά που αναφέρεις:
Το Phylum μεταφράζεται απλά ως Φύλο. Στην κατάταξη των Φυτών/ συνηθιζόταν παλιότερα αντί για Φύλο να χρησιμοποιείται η λέξη Διαίρεση αλλά νομίζω ότι η τρέχουσα τάση είναι να τα θεωρούμε όλα Φύλα.
Για το Subphylum νομίζω χρησιμοποιείται το Υποφύλο και η Υποδιαίρεση.
Class Κλάση.
Order Τάξη.
Family Οικογένεια
Genus Γένος
Species Είδος
Σε ό,τι αφορά τις υποκατηγορίες

είμαι κι εγώ πολύ μπερδεμένη (δεν τις χρησιμοποιώ κιόλας) αλλά θα το κοιτάξω όσο μπορώ....
Πιθανόν ανάλογα με το βασίλειο να αλλάζουν και κάποιοι όροι (όπως στο Φύλο/Διαίρεση) και ίσως εκεί να οφείλεται όλη αυτή η Βαβέλ.
Δεν ξέρω αν είναι τόσο σημαντικό να αναφέρεις όλες τις πληροφορίες προκειμένου να παρουσιάσεις ένα είδος. Το Φύλο είναι βέβαια σημαντικό και δίνει πολλή πληροφορία. Από εκεί και πέρα η οικογένεια είναι συχνά αρκετή προκειμένου να επισημάνεις κάποιες σχέσεις (π.χ. Όλα τα Τetraodontidae ή Cetorhinidae έχουν όντως κάποια κοινά χαρακτηριστικά) και οπωσδήποτε φυσικά το ονοματεπώνυμο (γένος είδος).
Εξαρτάται πάντα από τους σκοπούς σου.
Εγώ συνήθως χρησιμοποιώ το Φύλο, την Κλάση, την Τάξη, το Γένος και το Είδος
Συχνά όμως θα φτάσω μόνο σε επίπεδο Oικογένειας ή Γένους αν θέλω να μιλήσω για ένα άθροισμα ειδών και τις ιδιότητες που μοιράζονται.
Τελικά δεν ξέρω αν βοήθησα ή αν σε έμπλεξα περισσότερο!!!!!

Επιφυλάσσομαι να το ψάξω και παραπάνω (δε θα με χαλάσει...)
ΥΓ. Όσον αφορά στο Φύλο, το θέμα είναι ακριβώς όπως το έθεσες. Κι εγώ θα το παρέθετα σε τέτοιες περιπτώσεις όπως των ασκιδίων, τονίζοντας τη σχέση του με το υποφύλο των Σπονδυλόζωων!